Le Secrétariat général seconde le Directeur dans ses tâches de direction. Avec les offices, il élabore les bases de décision relatives aux questions centrales de la politique éducative et culturelle. Il coordonne les activités des offices et supervise la préparation des dossiers à l’attention du gouvernement et du parlement.

Le Secrétariat général est responsable de la planification financière, de la gestion des ressources humaines, de la planification des bâtiments, de la coordination de l’utilisation des locaux ainsi que des processus généraux de management et d’organisation de la Direction. Il assure le service juridique, la communication avec le public, l’application de la politique d’égalité, la planification de l’éducation et la Coordination francophone.